しかし、投票ではトップ候補が1107票だったのに対し、今回の当選者はその半分(553票）しか得票していない。差は約500票にもなる。昨今の女子枠や総合選抜の流れが、学長選考にも影響しているのではないかという見方が出てくる。最初から当選者ありきの出来レースだったと言われても仕方がない。

こうした選考は、民主主義や公平な選挙の原則に疑問を投げかける。「逆差別（reverse discrimination）」ではないかという声もある。男女平等ではなく、女性候補がいれば誰でもよいという印象すら与えかねない。京都大学でも同様の事例が起きている。この流れは歓迎できない。

一方で、天皇は男子でなければならないという考えにも疑問はある。しかし、こちらは世襲であり、選挙で選ばれるわけではない。性別による制約の性質はまったく異なる。

今回の学長選考は、ジェンダー平等の推進と、選考の公正性の両立という難しい課題を改めて浮き彫りにしたと言える。